因为瓜子与西瓜子都富含脂肪、蛋白质、锌等微量元素及多种维生素，可增强消化功能。嗑瓜子能够使整个消化系统活跃起来。瓜子的香味刺激舌头上的味蕾，味蕾将这种神经冲动传导给大脑，大脑又反作用于唾液腺等消化器官，使含有多种消化酶的唾液、胃液等的分泌相对旺盛。因此，在饭前或饭后磕瓜子，消化液就随之不断地分泌，这样对于消化与吸收十分有利。所以，饭前磕瓜子能够促进食欲，饭后磕瓜子能够帮助消化。如果数种瓜子混合嗑效果更佳。
磕瓜子虽有许多好处，可也不要无节制地大磕瓜子，要想到问题的另一面，磕瓜子也有坏处，那就是大磕瓜子会大量耗费唾液。唾液除了能滋润口腔喉舌以利发声和食物吞咽外，还有一些更重要的作用。现代医学研究发现，唾液中含有促进止血和收缩血管的物质，能加快血凝速度，减少伤口出血，促进伤口的愈合，唾液对细菌在口腔内产生的酸有中和作用，能保护牙齿，预防龋齿的发生，唾液中含有分泌型免疫球蛋白A和溶菌酶，有免疫和抗菌作用；唾液中含有消化酶，能把多糖变成双糖，以便人体吸收；此外唾液还是个抗癌剂，能减低黄曲霉素、苯并芘等致癌物的毒性，唾液中还含有唾液激素，对骨和牙齿的发育，血中钙磷代谢、蛋白质合成等都有一定影响力。
因此，大量磕瓜子，大量耗损唾液的人易患口疮、舌疮、龋齿、牙龈炎、腮腺炎之类的疾病。此外，由于瓜子常常是不干净的，易于传播肝炎、痢疾之类的疾病。这一点，不能不引起人们的重视。
