加强畜禽养殖业环境污染防治不宜简单采用工业污染治理的制度和措施。污染防治措施的关键在于治“本”，畜禽养殖业污染重在预防。
一、改进养殖方法
科学改进养殖方法有利于预防性减少污染。对养殖过程中使用的饲料进行营养调控是治“本”的一种方式，可通过对饲料营养成分的科学配置，提高饲料的生物利用率，从而减少排泄物中的有机质。营养调控可通过阶段饲喂、低蛋白日粮、合成氨基酸应用、使用酶制剂提高养分利用率等方式实现。
二、合理制定政策
相对于养殖方法的改进，政策的合理制定会在污染预防过程中发挥更大的作用。制定养殖场环境准入法规或标准。如设定养殖场与周围居民居住点的最小间隔距离，制定污染物排放标准，有助于降低畜禽养殖污染程度。
三、优化结构
合理布局，限制养殖规模，优化畜牧结构是预防畜禽污染的有效措施。以英国为例，畜牧业以饲养牛、猪和家禽为主，英国畜牧产业不追求超大规模，大的奶牛农场一般也不超过500头，由于其多采用小规模饲养模式，粪尿直接肥田是主要处理措施，利用专用施肥车直接施用肥田。
此外政府政策对于污染物储存处理设施和粪肥加工厂建设等促进畜禽污物治理给予财政支持也是防治污染的重要手段。
