亚麻各生育期对不同肥料的吸收不均等，生育初期对氮素要求高，丛型期需氮较多，快速生长期和开花期需钾较多，开花期需磷较多。氮肥施用过量会导致贫青倒伏，感染病害，降低出麻率。磷肥过多，会导致植株矮小，早衰。
亚麻是一种根系发育较弱，吸肥能力不强的作物。因此，施肥应以基肥为主，追肥为辅，做到氮、磷、钾与微量元素配合。要求每亩施用腐熟有机肥500—1000公斤，亚麻专用复合肥30—40公斤，缺锌的地块增放1—2公斤硫酸锌。
为防止倒伏可增施草木灰，追肥视亚麻长势情况酌情追施，长势较差的麻地，在株高10厘米时每亩追施尿素5—10公斤，追肥过晚或过早多，亚麻贫青晚熟，生长期延长，容易引起倒伏和返青，给收获和保管带来很大困难。
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