磷对芸豆根瘤菌的形成和开花结荚具有重要作用。缺磷易使芸豆植株及根瘤菌的生长发育不良，开花结荚数减少，荚果籽粒数少，产量降低。

钾能明显影响芸豆的生长发育和产量的形成，钾肥供应不足，会使芸豆减产20%以上。生产上，氮肥用量适当多些，即使钾施用量少些，一般也不会表现缺钾症状。

芸豆易发生缺镁症。若土壤中镁元素不足，从芸豆播种后1个月起，首先在初生叶，后在第一片真叶的叶脉间开始黄化褪绿，而后逐渐向上部叶片发展，大约延续7天，叶片便开始脱落，产量降低。

微量元素钼是固氮酶和硝酸还原酶的重要组成成分，在生理代谢上主要是参与生物固氮，促进芸豆植株体的氮、磷营养代谢。