不同品种的猫屎瓜其耐藏性不同，用于贮藏的猫屎瓜应在七八成熟时采收，成熟度过高不耐贮运，成熟度低品质差。
猫屎瓜适宜的贮藏条件为11～13℃，相对湿度为90%～95%。气调贮藏猫屎瓜的气体成份指标是：氧气为2%～8%，二氧化碳为2%～5%。猫屎瓜在贮藏过程中乙烯释放量大，因此在贮藏过程中要注意及时排除乙烯，防止自身催熟作用。
1、冷藏。采后的猫屎瓜于冷库进行贮藏，在贮藏过程中保持库温在11～13℃，当温度低于10℃时猫屎瓜就会发生冷害。经常进行库房的通风换气，防止乙烯的积累。
2、塑料薄膜袋贮藏。将猫屎瓜放入厚度为0.08毫米的塑料袋中，每袋装果10～15公斤，再放入200克吸透高锰酸钾溶液的碎砖块和100克消石灰，扎紧袋口，贮藏于11～13℃下，用此法贮藏猫屎瓜62天，其蕉果贮藏品质良好。
3、气调贮藏。猫屎瓜的气调贮藏已获得成功，但不同品种或同一品种不同产地其气体成份指标不同。可以采用塑料大帐，密闭，用碳分子筛进行气体成份调节；也可采用大型气调库，用燃烧式气调机或中空纤维制氮机进行气体成份调节。
