棚室青椒由于光照、温度、水分、肥料、气体管理不当，常会引起各种生理病害。主要有以下几种：
1.长期阴雨雪，揭帘见光时间过短，会引起辣椒叶片大而薄，植株茎秆细长、瘦弱、黄化，甚至死亡。
2.长时间强光照射和高温干旱，容易造成植株生理失水而萎蔫。
3.温度偏低，可使幼苗期的子叶和真叶反卷，茎叶产生花青素，形成小老苗；温度偏高可使幼苗形成高脚苗，成株期植株疯长，坐果率降低，或者叶片褪绿变成黄白色，使根系木质化；水分过多时，植株根系会因缺氧而变成黑褐色，新根难以生长，老根变黑腐烂，植株不能吸收养分，时间过长会导致植株死亡；水分不足时，苗期易形成老化苗，植株凋萎不振，叶片难以伸展，成株期易产生黄化和枯萎等症状。
4.冬季棚膜内层形成的凝结水珠滴落在青椒苗上可引进叶片变色、失绿，出现叶片伤害甚至死亡。
5.施入未腐熟的有机肥，容易引起烧根或烧苗，也容易产生氨气，如通风不良，氨气积累，可引起植株叶片叶绿体解体，叶脉间出现点块褐斑或条状斑。另外，加温温室由于燃煤产生的一氧化碳和二氧化碳，累积到一定浓度，会引起蔬菜叶片出现暗绿色水渍状斑。
6.棚室内外温差较大时，进行突然大通风，容易造成植株大量失水，叶片萎蔫，叶缘干枯，叶色变白，叶片干尖甚至开裂。
防治方法：
1.棚膜要注意经常擦洗，增加其透光率，长期阴天时有条件的可增加照明设备，以保持良好的光照条件。
2.低温期加强保温措施，尽量不采用燃煤加温，以免产生有毒气体；高温期要注意通风排湿降温管理，避免高温高湿，并注意在温差大时千万不可搞突然性的大通风，应及时通风，由小到大，循序渐进。
3.棚室最好采用无滴膜覆盖，以免产生水珠伤害青椒植株。
4.施用的各种有机肥应充分腐熟。氮素化肥一次施用量不宜太多，同时还要注意各元素肥料的搭配使用。
