北瓜成熟会释出乙烯，而且也会受环境乙烯的影响而加速后熟。北瓜表皮呈珍珠状，极为柔嫩，采收运输稍有不慎易受压腐烂，增加乙烯释出的机会。
北瓜采收时须注意其成熟度，欲短期储存者尤不应迟收，七八分熟者即可收获。采收后须立即降温，以减少瓜果后熟速率及乙烯的释出，影响周围北瓜的后熟，但北瓜于10-12℃以下会发生冷害（即表面出现凹陷，进而感染溃烂），故预冷及储存温度最好为12-13℃。
可以水冷或强力通风预冷。因此，影响北瓜储存的因素有北瓜的成熟度，北瓜受伤与否、环境乙烯及储存温度等。
北瓜采收处理应极小心，采收后最好能以纸类或保鲜膜包裹储存，除可减少瓜果表面水份散失，还可保护柔嫩的瓜果，避免擦伤，损及瓜品质。
