菠菜的吃法多种多样，可炒、做汤或凉拌。炒菠菜可以加入豆腐干，也可与肉丝、猪肝、鸡蛋等同炒。因菠菜茎叶都较嫩，故需先将荤菜炒熟，再放入菠菜煸炒。炒菠菜、做汤火力不要太大。凉拌菠菜是将菠菜用开水焯后，晾干水分切成寸段，加芝麻酱、芥末、酱油、醋，有独特风味。
菠菜虽好吃，但也不可长期偏食或一次食用过多。因为菠菜中含有较多的草酸，吃进菠菜时，人体内的钙会跟菠菜中的草酸结合而生成难溶性的草酸钙，从而减少了人体必不可少的钙离子。同理，有些关于菠菜的食物搭配也不科学，如被许多人视为佳肴的菠菜炖豆腐，豆腐中的钙与菠菜中的草酸结合生成难溶的草酸钙，妨碍人体的吸收。而且，菠菜吃多了还有碍于人体对锌的吸收。锌是人体必需的金属元素。
虽然需要量极微，但它的作用却很大，尤其对儿童、孕妇及肺结核患者更是不可缺少的。不过，解决的办法很简单：烹调前先把菠菜放在热水里浸泡五六分钟，使其中的大部分草酸溶解在水里，这样食用时就没多大妨碍了。为了保存营养，烹调时应盖上锅盖，尽量避免与空气接触过久或加热时间太长，因为菠菜中的维生素C易被氧化破坏。此外，由于铜可促使维生素C分解，烹调时应避免用铜锅或铜质锅铲。
