鳄龟卵无论在自然环境还是在人工条件下，通常都已将卵埋在含水量适中的砂土中进行。黄砂既可以保持温度稳定，其空隙间形成的水珠又是气体交换的媒介。没有这种不易察觉的生态环境，鳄龟胚胎的发育和气体交换就受到阻碍。因此鳄龟卵的胚胎发育需要3个最主要的生态因子：温度、湿度和通气条件。只要这三个因子符合要求，辅以其他技术问题处理得当，鳄龟胚胎的孵化率通常可达90％以上。
1．温度研究表明，鳄龟胚胎发育最低温度为22℃，最高为36℃，低于22℃，胚胎发育停止，至15℃以下，胚胎死亡；而高于36℃，孵化率明显下降；达到37℃以上，只要几个小时，即可导致胚胎死亡。鳄龟卵孵化的最适温度为30-33℃，在此温度条件下，仅需45-50天即可完成胚胎发育过程，而且其胚胎发育良好，孵化率高。其孵化的累积积温为36000℃时。研究还表明，在22-36℃这段胚胎发育适温范围内，温度每升高1℃均能显著加快胚胎的发育过程。但超过33℃后，虽然胚胎发育有加快趋势，但孵化率则有所下降。如温度35℃，孵化率为70%，在气温37℃孵化，由于卵内蛋白失水极快，容易在卵壳与卵膜之间形成空隙，在这种情况下，胚胎由于干燥而死亡。许多研究都认为孵化温度应当控制在30-33℃，孵化期45-50天较合理的。
2．湿度是指卵孵化用砂的含水量和空气的相对湿度两部分，其中尤以前者最为主要。研究表明，鳄龟卵对抵抗低湿度的能力较强，而抗高湿度的能力较弱。也就是说，在一定湿度范围内鳄龟卵怕湿不怕干。当黄砂含水量为1.07%时，孵化率为60%，而含水量为27％时，孵化率为。因此在孵化过程中要严防砂床过于干燥和渍水。在孵化过程中，合适的湿度一方面可以有效地控制受精卵水分的蒸发，同时也起着调节温度的作用。鳄龟卵胚胎的发育必须与外界进行气体交换，砂床中砂粒空隙的水珠则起着中间媒介作用，胚胎通过卵壳的卵孔排出二氧化碳，经砂床砂粒的水珠溶解，携带而蒸发出去。但如砂床溃水过多，通气条件差，胚胎必然被窒息死亡。通常鳄龟胚胎发育要求砂床的最佳含水量为7%-8%，即能将砂“捏之成团，落地散开”为适度。而空气中的相对湿度主要是为了保持孵化用砂的湿度稳定。在孵化过程中空气的相对湿度保持在80％-85％为最佳。早期可稍低，晚期应稍高。
3．通气清况目前鳄龟卵孵化都是将受精卵埋在砂中，因此合适的砂粒既可保湿又可通气，是良好的孵化介质。但如砂粒太粗（粒径在1毫米以上），虽然通气性好，但保水性能差，不能长期保持砂子适当的湿度；如砂粒太细（粒径0.1毫米以下），虽然保水性能好，但通气性差，砂床容易板结。故孵化用砂以粒径0.5-0.6毫米为佳。孵化用砂的温度、湿度和通气因素对于鳄龟的胚胎发育关系极为密切，它们是相互制约的。如当砂床温度达35℃时，胚胎发育速度加快，呼吸加剧，需氧量相对增多，要求通气条件良好。此时由于高温水分易蒸发，砂床湿度容易下降，如果大量洒水会使砂床湿度突然增大，通气条件受到影响造成胚胎因窒息而死亡。因此在高温时切忌洒水过多（只需靠近卵的沙粒略带潮湿即可），以免影响胚胎呼吸。
