在孔雀养殖的过程中，进行消毒是预防疾病的最好方法，所以要对孔雀养殖环境、雀舍、用具、水体等进行消毒，尽可能杜绝细菌与病菌：
（1）环境消毒：蓝孔雀舍周围每2～3个月用火碱液消毒或撒生石灰1次，场周围及场内污水池、便粪炕、下水道出口。每1～2个月用漂白粉消毒1次。
（2）蓝孔雀舍消毒：消毒程序大致是：清除、清扫、冲洗、干燥、第一次化学消毒、10%石灰粉刷墙壁和天棚、移入已清洗的笼具等设备并维修、第二次化学消毒、干燥、甲醛已熏蒸消毒。清扫、冲洗、消毒要细致认真，一般先顶棚、后墙壁再地面。从蓝孔雀舍远离门口的一边到靠近门口的一边、先室内后环境，逐步进行，不允许留死角或空白。清扫出来的粪便、灰尘要集中处理，冲出的污水，使用过的消毒液要排放到下水道，面而不应随便堆置在蓝孔雀舍附近，或让其自由漫流，对蓝孔雀舍周围造成新的人为环境污染。第一次消毒，要选择碱性消毒剂，如1%至2%烧碱、10%石灰乳。第二次消毒，选择常规浓度的氯制剂、表面活性剂、酚类消毒剂、氧化剂等用压喷雾器按顺序喷洒，第三次消毒用甲醛熏蒸，熏蒸时要求蓝孔雀的湿度70%以上，10度以上，消毒剂量为每立方米体积用福尔马林42毫升加42毫升水，再加入21克高锰酸钾。1～2天后打开门窗，通风晾干蓝孔雀舍。各次消毒的间隔应在前一次清洗、消毒干燥后，再进行一次消毒。
（3）用具消毒：蛋箱、蛋盘、孵化器、运雏箱可先用0.1%新洁尔或0.2%～0.5%过氧乙酸消毒，然后在密闭的室内于15～18℃温度下，用甲醛熏蒸消毒5～10小时。蓝孔雀笼先用消毒液喷洒，再用水冲洗，侍干燥后再喷洒消毒液，最后在密闭室内用甲醛熏蒸消毒。工作人员的手可用0.2%新洁尔灭水清洗消毒，忌与肥皂共用。
（4）饮水消毒：指预先在另外的容器内调制成稀释液然后放入饮水器或饮水槽让蓝孔雀饮用。实施饮水消毒，可以大大减少水中细菌、病毒、虫卵的数量，减少传染病的发生，据测定，在高温的夏季，贮水可饮水器在一昼夜间，1毫升水中的细菌可增至2亿多个；在10月份为35万个左右。在结冰的冬季，1毫升水中仍有5.4万个细菌存在。水中病原菌主要为伤寒杆菌、副伤寒杆菌、巴氏杆菌、痢疾杆菌、大肠杆菌、结核副嗜血杆菌等。水中病毒主要有胃肠炎病毒、疱疹病毒、轮状病毒以及引起新城疫的副粘病毒等。此外，水中还有球虫、蛔虫、异刺线虫卵等。目前经有关部门检验许可使用的消毒剂主要有：氯剂、碘剂、溴剂、阳离子与两性离子表面活性剂。但蓝孔雀发病时，实施饮水消毒并不能起到治疗作用，这时必须投其他类药物才奏效。
（5）种蛋消毒
（6）带蓝孔雀消毒：指在蓝孔雀整个饲养期内定期使用有效消毒剂对蓝孔雀舍内和蓝孔雀体表喷雾。以杀灭或减少病原微生物，达到预防性消毒的目的，带蓝孔雀消毒要先择高效广谱，无毒无害，腐蚀性小，而粘附性较大的消毒药。常用的消毒药有新洁尔、百毒杀、过氧酸、次氯酸钠、复合酚。
