目标：示范区畜禽污染综合利用率达到90%以上
《规划》指出，我国农业面源污染主要来源有：一是畜禽水产养殖。每年畜禽粪污产生量约38亿吨，综合利用率不到60%。水产养殖过程中大量饵料、养殖用药的使用，造成集中养殖区域水环境污染。二是化肥;三是农药;四是农作物秸秆;五是废旧地膜。
《规划》还指出，近年来畜禽水产养殖污染防治取得明显进展。印发了《促进南方水王地区生猪养殖布局调整优化指导意见》，科学划定禁养区，优化养殖布局。组织实施畜禽标准化养殖项目和畜禽粪污资源化利用试点，开展畜禽标准化示范创建。推进农村沼气转型升级，建设规模化大型沼气工程386个，规模化生物天然气工程试点25个，新增沼气生产能力4.87亿立方米，处理利用畜禽鲜粪等农业有机废弃物950万吨。
《规划》提出了具体的工作目标，到2020年，建成一批重点流域和区域农业面源污染综合防治示范区，探索形成一批可复制、可推广的技术与模式，为全面实施农业面源污染治理提供示范样板和经验。示范区化肥村域混合污水及畜禽污染综合利用率达到90%以上。
重点：这10大区域要重点治理
治理区域
依据《农业环境突出问题治理总体规划》，在洞庭湖、鄱阳湖、太湖、海河流域、松花江、淮河、三峡库区、丹江口库区、巢湖、洱海等重要水源保护区和环境综合治理。小流域要求具有明确的分水岭或汇水、排水边界，流域内农田规模不小于2万亩，粪污产生量不小于2万头生猪当量。
重点工程
根据流域农业面源污染组成特征，因地制宜建设农田面源污染综合防控、畜禽养殖污染处理、水产养殖污染防治、农业废弃物循环利用等工程，治理农业面源污染。
在示范区所在的县科学划定禁养区，根据县域资源环境承载能力，合理确定养殖规模，以地定养，以养促种，加快畜牧业生产方式转变，推进种养结合和生态养殖模式。科学配置饲料，规范饲料添加剂使用，提高饲料利用率，减少氮、磷等排放。在重点流域，价钱粪污处理设施建设，推进畜禽废弃物的无害化处理和利用。
畜禽养殖粪污处理工程——对于规模化养殖场，因地制宜采用污水减量、厌氧发酵、粪便堆肥等技术，按照三改两分再利用、中央一体化等模式处理畜禽污染，主要建设内容包括前处理设施、厌氧消化设施、生物燃气利用设施、厌氧消化剩余物利用设施等。对于分散畜禽养殖密集区，可结合畜禽粪便收集站建设，因地制宜建设粪污处理中心，主要建设内容包括堆肥设施、污水高效处理设施、污水转运设施等。对于位于禁养区内、必须拆除的规模畜禽养殖场，对其异地重建及建设配套粪污处理设施予以补助。
畜禽养殖废水农田消纳工程——针对无害化处理后的样子废水中富含的氮、磷、有机质等营养成分，因地制宜建设以处理后养殖废水贮存池为核心的养殖废水农田利用工程，配套灌溉管带和运输车辆
思路：治理要多还旧账、不欠新账
总体思路
以“一控两减三基本”为目标，选择受农业面源污染影响严重突出的重要水源区和环境敏感流域，以县为单位，强化顶层设计，优化调整农业结构和布局，坚持源头控制与过程防治相结合、农艺措施与工程措施相结合、重点治理与全面推进相结合、政府引导与多方参与相结合，转变农业发展方式，恢复农田生态功能，探索高效治理模式，“多还旧账、不欠新账”，促进重点流域生态环境逐步改善，推动资源节约型、环境友好型、生态保育性可持续农业发展。
基本原则
1、重点突破统筹推进。立足当前，着力解决对流域水环境保护与农业可持续发展制约性强的突出问题，以地方政府为主体，以县为基本单位，以农业流域为核心示范区，开展农业面源污染综合治理工程建设，通过流域治理经验总结，以点带面，统筹推进农业面源污染防治。
2、坚持市场政府两手发力。充分发挥市场在资源配置中的决定性作用、政府在污染治理中的引导作用，坚持政策引导、市场运作、全民参与的方针，调动农民和企业的参与积极性，全方位、全过程推动污染治理。
3、坚持检测督导有效结合。强化监测预警，加强督导检查，落实责任主体，推进工作落实，跟踪实施进度，制定绩效评价标准，引入第三方评估，健全评价机制，推动工作督导与绩效考核相结合。
