不同品种耐藏性不同，神弯较耐贮藏，菲律宾种次之，沙捞最耐藏。
菠萝在贮藏过程中易发生腐烂和黑心病。腐烂主要是由软腐病引起的，采后5小时内，用10%的苯甲酸的酒精溶液涂伤口处，可起到防治作用。
黑心病是由冷害引起的，在贮藏过程中要注意温度保持在7℃以上。
菠萝适宜的贮藏温度为8～10℃，相对湿度85%～90%。
用于贮藏的菠萝宜在菠萝芽眼颜色由浓绿色转为淡青色时采收，成熟度过高，耐贮力下降。
采收后将菠萝放入0.06毫米的塑料薄膜袋中置阴凉通风处，保持温度在8～10℃。菠萝在此条件下可贮藏20天。
