木瓜属亚热带作物，育苗移植。分析认为苗期烂根病的主要原因是:苗床雨后积水，苗期施肥浓度大，线虫侵入根和根腐病菌侵入为害。
木瓜小苗烂根病的防治措施：
1.木瓜根系在土壤中要进行呼吸作用。在缺氧的条件下进行的缺氧呼吸时，木瓜根系内部的生化反应产生甲醇（酒精），由于酒精中毒发生烂根，这种现象多属苗床积水或土壤板结造成土壤中空气不足缺氧，在整理苗床时要开好畦与畦之间的排水沟，防止木瓜苗床雨后受淹。
2.木瓜幼苗根系幼嫩，施肥时以稀浓度为好，浓度太容易造成木瓜幼根吸收不了，反而使木瓜幼根细胞内的自由水向外渗透失水死亡而引起烂根，也就是农民常讲的“作物被肥料烧死”。
3.木瓜幼苗根系被线虫为害后，幼根内部组织受破坏，阻碍了吸收和向植株输运养份，根部出现大小不同的肿瘤状导致烂根，发现时可用70%霜霉威600倍液或70%百菌清800倍液喷施。
4.发生根腐病是导致幼苗烂根的病害，发生时亩用25%粉锈宁5-6克兑水500-700倍喷施。
