哈密瓜种植在每茬栽培前，必须对土壤进行消毒，以杀死上茬栽培后残留在土壤中的病菌、虫卵、虫体和植物自身分泌的有害物质。
哈密瓜种植常见的土壤消毒方法有气体消毒、药剂消毒、高温消毒、灌水消毒等。经实践，哈密瓜栽培地土壤消毒采用巴斯夫公司的“必速灭”颗粒剂效果很好，可以代替对环境污染很大的溴化物消毒剂。
哈密瓜种植秋茬栽培前还可以采用高温闷棚的方法进行消毒，经济方便，对活体的生物作用很大。两者消毒方法处理后都可配合使用灌水对土壤浸泡冲洗，不仅可以带走病菌残体和残留药剂，还能起到洗盐的作用。
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