真菌有许多类型可以侵染杏树。虽然已鉴定、分离了一些病害的病原菌，明确了侵染循环及适宜发病的条件，如褐腐病、霉斑穿孔病、褐斑穿孔病、杏疮痂病、腐烂病、杏疔病、冠腐病、白纹羽病、轮纹菌枝枯病等，但要成功防治，尚有许多问题需进一步研究。
1.杏树流胶病。杏树流胶病开始认为只是南半球的病害，次后在美国、意大利、瑞士、法国、前苏联及匈牙利等国相继被发现。报道轮枝孢菌（Verticillansp）、黄萎轮枝孢菌(Verticillianalbo-atrum)、大丽花轮枝孢菌(V.dahliae)和蕉孢壳菌(Eutypaarmeniacea)都有致病性。由Botryospheriaclothided引起日本杏(Japaneseapricot)流胶。甲基托布津能够有效地抑制菌丝生长、孢子萌发和症状的发展。在促进病斑间组织的再生且保证树势的同时，843康复剂（腐殖酸加其它化学药物）控制流胶病效果突出。此外，细菌也能引起流胶病。国外强调伤口涂抹杀菌保护剂，用苯并咪唑类药物进行控制。
但也有人指出流胶不能只归因于微生物侵染，因为在无病菌侵染时也形成少量的胶。认为核果类果树流胶是生理病害，由外因诱发乙烯大量合成，刺激产生过量的细胞壁多糖，导致流胶。高浓度的乙烯利施用到杏、酸樱桃、李和桃树上，常造成大量流胶。筛选合适的乙烯合成抑制剂（如AVG、三氯酚和苯甲酸钠），来减少核果类果树的流胶是很有希望的。
2.杏果实斑点病（Fruitspots）。杏果实斑点病在中国、印度等许多国家都有发生。引起甘肃的杏果实斑点病的病原有3种，即嗜果刀孢菌(Clasterosporiumcarpophilum)、细交链孢菌(Alternariatenuis)、黄单孢杆菌属的甘蓝黑腐黄单孢菌桃穿孔致病变种(Xanthomonascampestrispv.pruni)。上述病原物也可导致叶片穿孔病(shotholedisease)。其中分布最广、危害最重的是嗜果刀孢菌，主要以菌丝在树上残留病叶和地面越冬，次年以孢子从叶片气孔、果实皮孔侵入。抗病性研究表明，杏叶片气孔大小、气孔密度、叶面积大小、叶肉海绵组织细胞稀密度与抗性呈极显著正相关。此外，许多学者分别进行抗病品种筛选研究，得到了一些免疫、高抗品种。
3.杏衰退症。该病与疫霉属真菌危害有关。恶疫霉（Phytophthoracactorum）、丁香疫霉(P.syringage)都能引发根腐、干腐及干溃疡，导致长势衰弱，甚至死亡，另外，串孢盘菌属核果褐腐菌(Monilialaxa)与疫霉属真菌合并也导致杏衰退。LimT.M.研究用磷酸控制由Phytophthora引起的颈腐和干腐病，在澳大利亚Victoria地区20年生杏树干先注射8-10g/株的磷酸，后再接种，则阻止病形成的时间达12个月之久。如果接种后注射，则磷酸能推迟病斑的发展，使之变干而痊愈。
4.杏叶灼伤病（Leafscorch）。1978年在奥地利首先发现该病，并在1985、1986和1987年流行，经鉴定病原物为(ApiogniminiaerythrostomaPers)，在展叶期之后喷3-5次二噻农(dithianon)、十二烷胍（即多果定，dodine）和代森锰锌（mancozeb）防治效果很好。对由日规壳属樱桃叶枯菌（Gnomoniaerythrostoma）引起的叶灼伤，喷洒十二烷胍和二噻农，可有效地减少短枝和长枝上的受害叶比例。
5.杏树锈病。SimeoneA.M.研究杏树品种的抗病能力，供试95个品种对锈病菌、桃聚柄锈菌（Tranzscheliapruni-spinosae）很敏感，其中有52个品种受侵染严重，相比这下有7个品种感病性低。研究杏树抗性表明，Stark、Early、Orange、Chester、Cofane等品种高抗或免疫。ThakurV.S指出芽膨大期和花瓣脱落期用二噻农对控制T.discolor有效。
6.杏树枝枯病（Dieback）、花腐病、斑点落叶病及其它真菌性病害。据报道杏黄萎轮枝菌枝枯病(Vinturiaalbo-atrum)主要分布于澳洲，大理花轮枝孢菌枝枯病(V.danliat)主要分布于美国及法国。用最毒的壳蕉孢属桃干枯壳蕉孢菌(CytosporacinctaSacc)菌丝或分生孢子悬浮液接种，可引起杏顶梢枯死。整个欧洲除干热的地中海沿岩外，都受这种病的危害，发病树难医治，只能预防。研究报道枝枯病的病原物主要是Cytospora，AleksanderChernyz等品种表现高抗。壳蕉孢枝枯病全年均可发病，木质部全年均为敏感部分，而韧皮部及形成层仅在7月份以后发病并形成杏树死梢。对杏枝枯病(CytosporacinctaSacc)进行生物防治表明，用Pseudomonasfluorescens、木霉属菌Trichodermakoningii、果木芽腐镰孢霉菌Fusariumlateritium及壳小圆孢属菌Coniothyriumsp.等的一些分离物，可以在培养过程中和枝干控制其病原物。
美澳核果褐腐菊（Moniliniafructicola）和核果褐腐菌(M.laxa)在加利福尼亚的地区引起花腐及果腐，经研究，所有M.laxa的分离物对苯莱特敏感，而M.fructicola对苯莱特的敏感性在不同地区有所不同。筛选的有效药剂是0.05%的苯莱、0.1%的fundazol（有效成分为苯莱特）或0.06%的甲基托布津、喷药时期为芽膨大期、绿芽期、白芽期、40%-50%开花期、80%-100%开花期。若侵染不严重，则白芽期和40%-50%开花时处理即可。分别进行了抗病品种筛选研究。
有关报道交链孢霉属的Alternariaalternata(Fr.)Keissl、A.tenuisNees和A.tenuissima(Fries)Wiltshir均导致杏树斑点落叶病，但危害不严重。仅A.tenuissima1981年在罗马尼亚大发生，此菌能危害杏、李、樱桃、核桃的叶和干，并能危害已成熟的果实。
