海狸鼠靠体表散热的方式来调节体温，故能耐受35～40℃的高温，但耐寒能力却很差。如气温低至-10℃以下，海狸鼠的活动量明显减少，体温也比正常值低2～5℃；而遇到高温天气时，体温则会比正常值增加3～5℃。
在正常状态下，海狸鼠的体温为37～38℃，心跳频率为70～80次/分，呼吸频率为45～55次/分。当海狸鼠在水中游泳或潜水时，为了防止体温下降，血管处于反射性应激状态，心率降至正常心率的1/4，甚至达到1/10～1/20。因此，即使海狸鼠在水中剧烈活动，其物质代谢也不明显增加。
根据吉林省延边特产研究所测这，成年海狸鼠主要生理常值为：体温（37.22±0.56）℃，呼吸频率（26.6±2.61）次/分，心率（175.2±30.71）次/分，红细胞数（6.278±0.4138）x 10的12次方/升，白细胞数（9.49±2.6738）x 10的9次方/升，血红蛋白质（139±6.5）克/升，血凝时间（1.46±0.06）分。
海狸鼠共有20颗牙齿。其消化系统发达，消化道全长6～7米，是体长的10～12倍。食物在成年鼠的消化道内停留的时间为60～70小时，在幼鼠的消化道内停留的时间较短。
