我们吃的圣女果就是最原始的番茄品种，可以说是没有完全驯化的品种，DNA序列分析的结果证实了这点。在最近的一些育种开发中，重新开始将那些口感风味俱佳的小个头番茄的优良性状，通过常规杂交组合在一起，就得到了口感极佳的圣女果。
黄三文领衔的研究团队通过对世界各地的360份番茄种质的重测序分析，揭开了番茄几百年来由小变大的“进化史”，构建绘制出完整的番茄遗传变异组图谱，未来依据图谱，将可培育出美味的新番茄。
“番茄的祖先体重仅有1克，还不足现生番茄的百分之一。”黄三文说，“现有的番茄是经过人工选择来实现的，但选育者其实不知道自己到底选中了哪些基因，而我们做的事恰恰是发现了番茄几百年来是怎么变大的。”研究团队发现第5号染色体是决定鲜食番茄和加工番茄（主要用于生产番茄酱）差异的主要基因组区域。
不少消费者还认为圣女果是转基因食品，黄三文表示这是误解，他说，目前国内并没有转基因番茄在销售，圣女果的学名是樱桃番茄，它并不是转基因食品，而是番茄进化的中间阶段，“大家可以放心吃”。
