番石榴是高度易腐水果，极不耐贮藏，但品种间耐贮性差异较大，如胭脂红各品系的番石榴耐贮性差，在常温下1～2天就失去新鲜的风味；而新世纪番石榴、珍珠番石榴较耐贮藏，如无机械损伤，常温下贮存7～15天。
由于番石榴的成熟果实在室温条件下贮藏期很短，只能尽快鲜食或运销各地，因此，要尽量缩短果实的运输时间。长距离运输，果实最好经预冷后空运目的地或以冷藏车控温运输至市场销售，对于暂无法销售的果实要进行贮藏保鲜。
目前，国内外对番石榴的贮藏保鲜尚无良法。由于栽培面积小，销售压力不大，尚未充分认识到贮藏保鲜的必要性和重要性，今后须加强贮藏保鲜的系统研究。现国外贮藏保鲜番石榴主要是采用低温贮藏，贮藏温度以8～10℃为佳，4～5℃易使果实受冻害；相对温度为85％～90％。若贮前用2克/升的苯莱特溶液浸果，效果更好，可有效控制贮藏期的果实腐烂。在变色期采收的果实冷藏效果最好。
贮藏的番石榴果实在包装时采取正放，即果梗端垂直向上的自然姿势，果实的生理失重、后熟果百分率、乙烯和二氧化碳释放率均最小，能使果实较长时间保持良好的品质。
