百香果的病害较少，生产上主要存在根腐病，疫霉病和炭疽病。防治病害的主要措施首先是做好排水工作，防止果园积水，尤其是部分水田和低洼地区果园，需防止局部积水导致烂根和诱发病害。
其次是早春在果实采收完毕后，结合修剪清园，将病枝、病叶、病果清出园外烧掉，减少病源。第三是在发现病害后及时用药除病，用敌克松800倍和托布津或甲基托布津1000倍防治根腐病和炭疽病，用瑞毒每锰锌1000倍喷雾或涂抹防治疫霉病。百香果的虫害也不多。
咖啡木蠹蛾
蛀食枝条，导致虫口上部所有枝条花果逐步干死。平常应留意检查，在发现柱入口及其下方有虫粪时，应及时用注射筒将100倍的敌敌畏或氧化乐果注入后用棉花及粘性黄泥密封蛀入口即可杀死害虫。
其他害虫
部分地区的新开垦果园可能有白蚁、金龟子、果实蝇、等昆虫为害，有些地区还可能有蚧壳虫为害，要留意检查并及时防治。在果园种植后每株树离主干1尺远处放臭丸1至2粒，可以驱赶白蚁。上述其它害虫可用百分之四十五或百分之五十的马拉硫磷乳油500至1000倍药液喷雾，也可用百分之五十的甲胺膦乳油250倍至400倍药液喷雾。
需要注意的是金龟子在傍晚后活动咬食叶片的，因此，应在傍晚喷药为好。另外金龟子的幼虫鸡母虫是在地下活 动危害百香果根系的，如松土施肥时发现也应及时除去，要特别注意的是，在开花结果期不应使用甲胺膦以免产生人畜农药中毒。
花叶病
[症状]紫果百香果病叶呈典型花叶，在嫩叶上尤为明显，往往有黄点或黄斑出现，顶部新抽出的嫩叶卷曲，老叶褪绿及黄化，病株明显矮化，生长不良，花果显着减少。黄果百香果病叶亦呈典型花叶，老叶有黄化斑点，但病株矮化不明显。上述两个品种的果实均有石果症状发生。用小刀削去石果的外果皮，即可见到果肉中的硬块。该病毒由棉蚜、桃蚜等传播。
