菠萝蜜的实生育苗即使用嫁接法，也须先培育实生砧木苗。一般经“三选”，即选优良的母株取果，在母株上选树干下部发育良好、不畸形的果实，待果实充分成熟后采下后熟，剖开果实，在种包发育较好的部位（干包类型果顶部较好），选取饱满、圆形的种子供播种。
菠萝蜜种子不耐干燥，应采后即清洗催芽。由于菠萝蜜主根直生，侧根细根少，根再生能力差，不耐移植，移苗伤根影响成活，故最好用塑料袋等作容器育苗，用经配制的营养土培植，使苗木生长迅速，也有利于定植成活，缩短缓苗期。盖土约2厘米，盖草并充分淋水。
以后注意水分调控及适当施肥，苗高30厘米时可出圃。塑料袋容器育苗，由于土壤容积不大，易过湿过干，影响根系和苗木生长，故容器的中下部要有足够的排水孔。容器摆放力求紧贴，空隙及四周充土围紧。适当遮荫，旱时勤淋水。
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