虹鳟鱼发眼前期适宜的孵化水温为7℃-13℃。最适水温8℃-10℃。若在13℃以上水中孵化，会使孵化率降低，畸形增加；在低温下孵化，孵化期延长，效果也不好。发眼后，即使在18℃水中也可孵化。
虹鳟鱼卵从受精到发眼前期需氧量较少，发眼后需氧量增多，每10万粒发眼卵1小时耗氧接近500毫升，孵出后其耗氧量又为发眼卵的2-3倍，适宜的孵化用水其容氧量需在6毫克／升以上，需加盖。
若采用桶式孵化器孵化，每桶盛卵量从5万-12万粒不等。卵受精吸水膨胀后即装桶孵化，用水需经过滤，每桶注水量4—6升／分。为防水霉菌，每3-4天用孔雀石绿消毒一次，配成1：20万浓度，从注水口注入桶内，每次持续1小时。在孵化累积温度达220℃后，把死卵拣出，拣卵需用特制的拣卵槽和拣卵夹。
