1、诱饵法
在采集的时候，将新的饲料放在养殖床的两边，它的表面就不要再添加饲料了。等到蚯蚓都跑到了新的饲料那里去了，就能将它的养殖床上面的肥料刮下来，风干之后就能装袋即可。如果这个时候有蚯蚓茧的话，要将它取出来，和旁边的新饲料和蚯蚓一起放会原处就行了。
2、框漏法
用一个比较大的铁丝网，将蚯蚓和粪便一起装进去，放在漏网里面，用力的去抖动这个漏网，下面要放养殖床。蚯蚓受到外力，就会往下面跑，会从漏网掉下去，等到它都掉下去了，就能将上面的粪便采集了。
3、刮粪法
可以用光照，这个时候蚯蚓比较怕光，就会往下面跑，这个时候就可以用刮板将它的粪便慢慢的刮下来，刮好的粪便等待风干，装袋就行了。
蚯蚓粪取回来后一定要进行杀菌处理，否则没办法杀死里面的寄生虫。保守的方法是采用间歇灭菌法，这种方法可以有效保留蚯蚓粪中的有效成分，如果不在乎粪便中的有效成分可以直接焚烧和高压蒸汽灭菌，这种方法可以完全杀死细菌。
