猪流感的发病率高，潜伏期为2～7天，病程1周左右。病猪发病初期突然发热，精神不振，食欲减退或废绝，常横卧在一起，不愿活动，呼吸困难，激烈咳嗽，眼鼻流出黏液。如果在发病期治疗不及时，则易并发支气管炎、肺炎和胸膜炎等，增加猪的病死率。
病猪体温升高达40℃～41.5℃，精神沉郁，食欲减退或不食，肌肉疼痛，不愿站立，眼和鼻有黏性液体流出，眼结膜充血，个别病猪呼吸困难，喘气，咳嗽，呈腹式呼吸，有犬坐姿势，夜里可听到病猪哮喘声，个别病猪关节疼痛，尤其是膘情较好的猪发病较严重。
剖检可见喉、气管及支气管充满含有气泡的黏液，黏膜充血，肿胀，时而混有血液，肺间质增宽，淋巴结肿大，充血，脾肿大，胃肠黏膜有卡他出血性炎症，胸腹腔、心包腔蓄积含纤维素物质的液体。
各个年龄、性别和品种的猪对猪流感病毒都有易感性。猪流感的流行有明显的季节性，天气多变的秋末、早春和寒冷的冬季易发生。猪流感传播迅速，常呈地方性流行或大流行。猪流感发病率高，死亡率低（4%～10%）。病猪和带毒猪是猪流感的传染源，患病痊愈后猪带毒6～8周。
猪流感潜伏期很短，几小时到数天，自然发病时平均为4天。发病初期病猪体温突然升高至40.3～41.5℃，厌食或食欲废绝，极度虚弱乃至虚脱，常卧地。呼吸急促、腹式呼吸、阵发性咳嗽。从眼和鼻流出粘液，鼻分泌物有时带血。病猪挤卧在一起，难以移动，触摸肌肉僵硬、疼痛，出现膈肌痉挛，呼吸顿挫，一般称这为打嗝儿。如有继发感染，则病势加重，发生纤维素性出血性肺炎或肠炎。母猪在怀孕期感染，产下的仔猪在产后2～5天发病很重，有些在哺乳期及断奶前后死亡。
