开展肉驴养殖生态治理，实现畜牧业的可持续发展，微生物技术将起到不可替代的作用。解决的核心问题是治理污染。而肉驴养殖治理的必须从整体出发，进行系统治理。畜禽粪便中含有大量有机氮、有机磷，是产生不良臭气的根源，也是影响冲洗废水量的关键，因而是治理的关键环节。
在肉驴饲料中采用微生物技术，通过添加微生物代谢产品、微生态制剂、微生物酶制剂和使用生态饲料可以有效地提高饲料转化率。减少氮和磷等主要有机物的排放。目前国际上已有数十种微生物、微生物酶、已被批准用于饲料的直接添加，可以用于绿色畜产品和有机畜产品的生产。
第二环节，应用微生物生态产品提高畜禽的抗病能力、特别是减少腹泻等疾病发生。生病后消化功能下降，有机物排除增多。疾病是影响养殖效益的最不可控因素，提高抗病能力始终是生态养殖的重要环节。
上述两项技术从源头可以降低粪尿中的有机物含量，减少臭味物质的产生，控制畜禽粪便中的水份，达到不黏、不臭，有利于粪便干清，大量试验表明，应用微生物添加剂后可以实现节省冲洗用水70%以上，为后续粪便和废水的处理创造。
微生物臭气治理
在肉驴养殖的圈舍、粪堆、粪坑中喷洒微生物制剂可以有效减少臭气的产生。这些微生物包括酵母菌、芽孢菌、乳酸菌等，市售产品称为微生物出臭剂。
第四、微生物处理畜禽粪便
运用微生物技术对畜禽粪便生物无害化处理，可以生产制成有机肥、食用菌培养基、沼气，达到变废为宝的目的。适当的工程措施，为微生物提供适宜的生长条件是实现上述目的的保障。菌种包括高温芽孢菌、放线菌等。关键是快速腐熟。
沼气技术实际上也属于微生物技术，我们北京刘民营和北郎中也开展了沼气工程。
微生物处理养殖废水
微生物技术在废水处理过程中已经广泛使用，使肉驴养殖养殖废水达标排放、循环使用以及水产养殖。市售产品叫做微生物净水菌。
通过以上几个方面微生物技术的综合应用，达到提高饲料报酬、提高抗病能力、减少养殖废物的产生、及废弃物的无害化利用等，不仅治理污染，而且可以大大提高肉驴养殖的综合效益。
