科学喂养很关键的一点是饲料配制。由于三文鱼属于溯河产卵鱼类，生活环境既有淡水又有咸水，不同的生长期进食不同的食物，因此，养殖者便根据鱼的不同生长期配制不同的饲料。饲料均用纯天然材质配制，不用转基因原料。
鱼饲料主要由植物油与植物蛋白调配而成，植物油有亚麻籽油、棕榈油、菜籽油等，植物蛋白有小麦蛋白、玉米麸质，大豆蛋白粉、磷虾等。在饲养期间，不使用含有抗生素的药物，以免破坏三文鱼的营养价值及造成区域性海洋生态问题，但为防止疫情，养殖者会给鱼苗注射疫苗。
挪威渔业管理部门还强制规定，某一养殖点的鱼全部捕捞上来后，必须有不少于两个月的休渔期，这期间要将网箱及海下水域重新进行清理。休渔期结束后，才能开始新一期的三文鱼养殖。
