一般来说，缸中铺砂种草、开过滤器、定时添加有益菌对净化水质是有很大作用的。不过，尽管我们的水族箱可以建立起较好的生态过滤系统，但这个生态环境还毕竟太小，比起天然水域鱼的密度又太大，因此，“生态平衡”更容易遭到破坏。
水质、水环境发生转化，主要是由于鱼粪、残铒沉积，水质混浊，有机物耗氧，产生硫化氢有害气体;或者藻类旺盛，水草的光合作用受影响;水的理化性质因水分蒸发或有机物增多而发生变化等等。如果水族箱较大而养的鱼很少，这种转化可能较慢。如果水族箱较小，且养的鱼较多，再加上投喂鱼虫、人工汉堡等食物，转化可能就进行得较快。
过滤系统的良好运转是必要的，但换水仍旧是基本的解决办法。对于裸缸，最好结合换水每天用虹吸管将缸底污物吸出，并添加适量新水。对于水草缸可1星期换水1-2次，使用专用吸水管也可吸出部分砂中污物，每星期的换水量掌握在总水量的1/3左右。对于不同的水质情况、不同的鱼，换水次数、换水量也应有所区别。如鱼密度大、容积小、水质易混浊的裸缸，可能需要昼夜过滤、天天换较多水。又如斗鱼活动量小，喜欢老水，就应减少换水次数和换水量。在换水时，注意水的温差应控制在4℃以内。对水温敏感的鱼，应控制温差在更小的范围。
