金针菇具有很强的分支再生能力。当小菇因干枯而凋萎时，其菌柄上会产生许多新的子实体原基。通过适当的管理，这些原基可以发育成为优质的菇体。这种方法是一种值得推广和采用的较为理想的栽培管理方式。
一、入室催菇
菌筒长满后移入栽培室，保持12-15℃的温度进行催菇。当料面上产生的子实体长至2到3厘米高时，打开袋口，将其尽可能向下卷曲，并压倒贴近料面，使子实体均匀地覆盖并贴紧整个料面。如果已经有少量子实体长出了菌盖，可以将其剪掉。
二、加强通风
开袋后要加强通气，第二天压倒的菌柄便开始干枯变褐，一般在开袋后4天左右（气温低于12℃时，则要5～6天），则会从干枯的菌柄上长出大量的小白点（子实体原基）。
当菌柄长高2～3厘米时，高度平整，菌盖大小一致。在再生法栽培中，由于长出的子实体多，因此要注意搞好通风换气。
也可在每次盖湿布前通风0．5～1小时，夜间要打开窗户通风换气1小时，气温超过15℃时，可在夜间盖好湿布后通风4～5小时。经这样管理菇质好，产量高。
三、拉直袋口
当菌柄直径2～3毫米时，要拉直塑料袋口。如果相对湿度大，或有的菌柄较粗不易干枯，压倒后不会再分生出小菌蕾，第二天仍从菌柄上长出菌盖。
在这种情况下，菇也会比原来长得多而密，菌柄的高度也较整齐一致。
四、调节湿度
当菌柄长到约10厘米时，如果空气相对湿度低于85％，需要覆盖湿布或经常喷水在盖纸上。当菌柄长到15厘米，菌盖直径不超过13毫米，符合商品标准时，应及时采收。
采收后，需要清除料面的老菌皮和残留菌柄，让料面干燥1～2天。然后，在袋口加上环套和棉塞，继续培养8～15天，会有第二批菇生长。
如果培养料比较干燥，应提前在袋口上覆盖湿布，一般在袋口拉直后即可盖湿布。第三批菇与第一批的管理方法相同。
