主要病变部位在回肠下段的集合淋巴结和孤立淋巴滤泡。胃肠炎型患者的肠道病变显著而广泛，且多侵及结肠。副伤寒丙的肠道病变不明显，肠壁可无溃疡形成，但体内其他脏器常有局限性化脓病变，可见于关节、软骨、胸膜和心包等处。
病毒感染 此类患者起病较急，多伴有上呼吸道症状，常无缓脉、脾大或玫瑰疹，副伤寒的病原与血清学检查均为阴性，常在1～2周内自愈。
斑疹伤寒 流行性斑疹伤寒多见于冬春，地方性斑疹伤寒多见夏秋。一般起病较急，脉搏较速，多有明显头痛。第5～6病日出现皮疹，数量多且可有出血性皮疹。外斐反应阳性。治疗后退热比伤寒快。
钩端螺旋体病 本病有疫水接触史，临床表现有眼结合膜充血，全身酸痛，尤以腓肠肌疼痛与压痛为著，腹股沟淋巴结肿大等；外周血白细胞数增高。确诊有赖于相关的病原学及血清学检查。
急性病毒性肝炎 副伤寒并发中毒性肝炎易与病毒性肝炎相混淆，但前者肝功能损害较轻，有黄疸者黄疸出现后仍发热不退，并有副伤寒的其他特征性表现，且肝炎病原学及血清学检查均为阳性。
布氏杆菌病 患者有与病畜(牛、羊、猪)接触史，或有饮用未消毒的乳制品史。本病起病缓慢，发热多为波浪型，退热时伴大汗，并有关节痛或肌痛等症状。病程迁延，易于复发。确诊须有血液或骨髓培养出病原体、布氏杆菌凝集试验阳性。
急性粟粒性肺结核 患者多有结核病史或与结核病患者密切接触史。发热不规则，常伴盗汗、脉搏增快、呼吸急促等。发病2周后Χ线胸片检查可见双肺有弥漫的细小粟粒状病灶。
败血症 少部分败血症患者的白细胞计数不增高，可与伤寒混淆。败血症多有原发病灶，热型多不规则，常呈弛张热，伴寒战，无相对缓脉。白细胞总数虽可减少，但中性粒细胞升高，血培养可分离出致病菌。
其他 疟疾、恶性组织细胞病、风湿热以及变应性亚败血症等，有时需进行鉴别。
