有效原则
无论是预防还是治疗都需要用药，但用药的最终目的是为了有效果，否则就失去了用药的意义，防治用药要达到有效的目的就必须选好药、对症用药，用碘制剂浸泡，效果都十分明显。
安全原则
安全用药是龟鳖养殖生产中合理用药的首要原则，但要达到安全的目的，必须做到决不使用危害人体健康的易残留药物，及国家规定的禁用药物和不利龟健康的药物。一些药物虽然对养殖对象的疗效较好，但它能在动物体内残留或富积，特别是对人体健康有害的药物。如一些染料类药物，它们在动物体内有明显的残留现象，其中孔雀石绿在龟体内的残留可长达300天，而孔雀石绿的化学成份三苯甲烷是致癌物质。此外，对环境污染较严重的药物和一些无主要成份说明的药物都应慎用。而在应用抗生素内服时，也应注意其对机体损害的副作用，如庆大霉素对肝脏的损害，故在采用内服治病时应尽量不用或少用，而一些喹诺酮类药物对龟苗阶段的应用更应慎重，以免产生软骨病。
节约成本原则
为降低养殖成本，龟鳖用药还应考虑用药成本。一些地方使用高价的抗生素治疗龟的常规病，不但造成浪费，还易形成抗药性。如利福平、林可霉素、恩诺沙星、氧氟沙星等原粉，市场价格都较高。特别是用这些药物泼洒治疗时，还易破坏水体应有的生物平衡，给调节池塘 水质带来不利。所以用药还应使用一些价低的常规药或中草药进行科学的预防为主。尽量不用或少用高价原粉。
简单易行原则
一些药物虽然价平效好，但因操作和应用的环境要求很高，给基层的养殖户带来不便，如目前常用的高性能消毒剂二氧化氯，由于其用量要求精确到百万分之零点几，所以在无精确称量仪器的生产现场，养殖者如稍有不慎，就会导致龟中毒死亡，特别是在冬季密封的温室里应用，这种事故常有发生。所以用药还是应遵循简单易行的原则。在无条件的情况下养殖户不宜盲目应用特殊药物。
现购现用原则
任何药物的效果都有时间限制，并非永久性，如一些抗菌素和维生素的药效不但有时间性，甚至对保管的环境条件都很严格，否则就会降低药效甚至无效。所以我们购药时一定要根据自己的应用时间和数量现购现用，而且在购买时应弄清楚药物的有效日期，以免造成过期失效的浪费现象。
